Преподаватели и аспиранты факультета природообустройства являются соисполнителями государственных, региональных, межотраслевых и отраслевых научных программ. Учёными факультета проводятся научные исследования в области фундаментальных наук по проектам РФФИ, по тематикам определенным заданиями Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, по запросам сельхозтоваропроизводителей региона.
В структуру факультета входятдве научно-исследовательские лаборатории: «Комплексного использования и охраны водных ресурсов» (руководитель – к.с.-х.н. А.В. Скрипник), «Дистанционного зондирования» (руководитель – к.г.н. Т.В. Байкалова).Созданы и плодотворно работают студенческие научные общества: «Landuse» (руководитель – к.с.-х.н., доцент Н.М. Лучникова), «Геосфера» (руководитель – к.с.-х.н. А.В. Шишкин).
На факультете реализуются образовательные программы аспирантуры 03.02.13 «Почвоведение»; 06.01.02 «Мелиорация, рекультивация и охрана земель», 25.00.26 «Землеустройство, кадастр и мониторинг».
На факультете природообустройства сформировались две научные школы: под руководством д.б.н., профессора Макарычева С.В., научные исследования которого связаны с теплофизическим состоянием почвенного покрова и гидротермическими режимами почв разного генезиса, и под руководством д.б.н., профессора Татаринцева Л.М., в рамках направления «Рациональное использование и охрана земельных ресурсов в Алтайском крае».Кроме того, большая научно-исследовательская работа проводится под руководством д.с.-х.н. А.С. Давыдова, к.г.н. Т.В. Байкаловой, к.с.-х.н. И.В. Гефке.
Факультетом природообустройства ведётся научно-производственное и образовательное сотрудничество с такими учреждениями и организациями, как Институт водных и экологических проблем СО РАН, «Управление «Алтаймелиоводхоз», Управление Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии по Алтайскому краю, Министерство природных ресурсов и экологии Алтайского края, ПИИ «Алтайводпроект», Алтайский центр земельного кадастра и недвижимости, «АлтайНИИгипрозем», «Центр инженерных технологий», НИИСС имени М.А. Лисавенко, Главное управление имущественных отношений по Алтайскому краю, ООО «Сибгеострой» и другими.
Научные направления, реализуемые на факультете:
1. Инвентаризация эксплуатационных скважин водозаборов подземных вод сельских районов Алтайского края. Повышение надежности водохозяйственных систем в Алтайском крае;
2. Рациональное использование земельных ресурсов Алтайского края. Научно-методическое обеспечение земельно-оценочных работ, агроэкологический мониторинг;
3. Диагностика состояния, паспортизация, технический учет гидроузлов и гидротехнических сооружений в Алтайском крае;
4. Исследование инженерно-геологических процессов. Геоэкологическая оценка земель, нарушенных при разработке полезных ископаемых;
5. Оценка физического состояния почвенного покрова Алтайского края, теплофизика и тепловая мелиорация почв;
6. Высокоэффективное освоение и использование мелиорируемых земель в Алтайском крае. Разработка технологии подготовки и почвенной утилизации городских сточных вод, осадков сточных вод, животноводческих стоков;
7. Геодезическое и картографическое обеспечение землеустроительных и инженерно-строительных работ. Совершенствование методов обработки данных дистанционного зондирования и построения цифровых моделей местности.