Стратегия развития науки в АГАУ предусматривает консолидацию и эффективное использование интеллектуального потенциала научно-педагогического коллектива университета в обеспечении научно-исследовательской и образовательной деятельности. Фундаментальные и прикладные научные исследования в университете проводятся действующими научными школами по 24 направлениям.