В качестве базы проводимых научных исследований используются инновационные подразделения университета и лаборатории кафедр.

Наиболее крупные из них:

• фундаментальная научно-исследовательская лаборатория «Агрогенез и плодородие агрогенных почв;
• научно-исследовательская лаборатория овощеводства защищенного грунта;
• отраслевая научно-исследовательская лаборатория новой техники и технологий;
• научно-исследовательская лаборатория комплексного использования и охраны водных ресурсов;
• научная лаборатория стратегического развития;
• лаборатория ветеринарной биотехнологии;
• научно-исследовательская лаборатория внутренних и незаразных болезней;
• центр ветеринарного обслуживания;
• научно-исследовательская лабораторияцифрового прототипирования;
• научно-исследовательская лаборатория восстановления деталей;
• учебно-опытная сельскохозяйственная станция;

Кроме того в настоящее время в университете действуют 2 специализированных научно-исследовательских института:

• НИИ экономики и экономического развития АПК;
• НИИ химизации сельского хозяйства и агроэкологии, имеющий в своем составе 3 лаборатории:
  • лаборатория экологии сельского хозяйства;
  • лаборатория разработки прогрессивных технологий;
  • испытательная лаборатория по анализу почв, сырья и пищевых продуктов, аккредитованная на выдачу заключений безопасности продуктов установленного образца,образованная в 1993 году. Дата последней аккредитации 18.09.2007 год (аттестат аккредитации № РОСС RU. 0U01. 516553).
  • Аккредитация выдана на:
    • сельскохозяйственную и пищевую продукцию:
    • корма:
    • анализы почв для почвенно-агрохимического обследования, агроэкологического мониторинга и восстановления плодородия деградированных земель с.-х. назначения, комплексной диагностики;
    • вода природная:
    • удобрения минеральные, органические, химические мелиоранты.

Опытной базой для проведения научно-исследовательской и внедренческой деятельности вуза являются базовые хозяйства и предприятия края восприимчивые к использованию результатов научной деятельности.