Ректорат Алтайского государственного аграрного университета является постоянно действующим совещательным органом при ректоре вуза. Состав ректората устанавливается приказом ректора университета по должностному принципу. Прекращение полномочий ректора означает автоматическое прекращение полномочий членов ректората. В состав ректората входят проректоры, деканы факультетов, руководители структурных подразделений.
| Врио ректора АГАУ, кандидат сельскохозяйственных наук. | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 229 | |
| (3852)62-80-46 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |

| Проректор по учебной работе, кандидат сельскохозяйственных наук, доцент. | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 228 | |
| (3852)62-84-12 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий — общая координация учебной и учебно-методической работы университета.

СМЫШЛЯЕВ |
|
Андрей Алексеевич |
|
| Проректор по научной и инновационной работе, кандидат технических наук, доцент | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 228а | |
| (3852)20-07-30 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий — общая координация научно-исследовательской и иновационной деятельности университета, организация работы по подготовке научно-педагогических кадров.

КОРЕННОВ |
|
Сергей Александрович |
|
| Проректор по экономической работе | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 238 | |
| (3852)20-07-35 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий - общая координация в области экономики, предпринимательской деятельности, организации и оплаты труда.
Сфера полномочий — координация международной деятельности вуза, обеспечение законности прибывания иностранных граждан, обучающихся в вузе. Работа с иностранными студентами и абитуриентами.

| Помощник ректора по связям с общественностью | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 229/2 | |
| (3852)20-32-26 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий — обеспечение эффективности реализации информационной политики вуза и координация работы официальных медиаресурсов Алтайского ГАУ

| Проректор по воспитательной работе и молодёжной политике | |
| пр. Красноармейский, 98, каб. 319 | |
| (3852)20-07-31 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий — общая координация внеучебной и воспитательной работы со студентами, организация сотрудничества со студенческой молодёжью других вузов.

| Проректор по административно-хозяйственной работе | |
| пр. Красноармейский, 96 | |
| (3852)20-32-01 | |
| Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Сфера полномочий - организационно-методическое руководство и контроль деятельности подразделений по вопросам хозяйственного обслуживания, рационального использования материальных и финансовых ресурсов, сохранности собственности. Техническое обслуживание зданий, помещений, оборудования, планирование и контроль проведения текущих и капитальных ремонтов.